Die zwei philosophiehistorisch orientierten Arbeitsbereiche decken die gesamte Philosophiegeschichte ab und folgen der gängigen Einteilung in Philosophie der Antike, des Mittelalters (zusammengefasst in der Älteren Philosophiegeschichte) sowie der Neuzeit und Moderne. Sie sind aber zugleich in ihren Aufgabenbereichen mit Ergänzungen versehen, die entweder systematische Hauptthemen der Epoche hervorheben oder die Wirkungsgeschichte der Epoche zusätzlich in den Blick nehmen. Die Widmungen lauten im Einzelnen: Philosophie der Antike und ihre Rezeption von der Neuzeit bis zur Gegenwart, Philosophie des Mittelalters und ihre Wirkungsgeschichte sowie Philosophie des Bewusstseins und der Subjektivität in der Philosophie der Neuzeit. Damit kann das Mainzer Seminar die Philosophiegeschichte in der Lehre in voller Breite vertreten und so die Philosophie in deren systematischer Verschränktheit mit der eigenen Geschichte behandeln. Eine Besonderheit, die das Mainzer Seminar mit einigen anderen deutschen Universitäten teilt, ist der Status der Professur für Philosophie des Mittelalters, als Konkordatsprofessur mit ursprünglich eigenem Institut. Diese Professur hat neben ihren Aufgaben im Rahmen des Philosophischen Seminars zusätzlich noch den größten Teil der philosophischen Ausbildung der Diplomandinnen und Diplomanden sowie der Priesteramtskandidaten des FB 01 Katholische Theologie sicherzustellen.