Die Ausgabe umfasst zwanzig Bandzählungen; da manchen Bandnummern Unterbände zugewiesen sind, ist insgesamt die Edition von dreißig Bänden geplant. Die Gliederung der Gesamtausgabe erfolgt in erster Linie nicht nach äußeren Kriterien, wie z. B. nach einer Einteilung in veröffentlichte und unveröffentlichte Werke, und auch nicht chronologisch, sondern sachlich nach dem Grundaufriss von Finks Philosophie.
Dementsprechend umfasst sie die vier Abteilungen Phänomenologie und Philosophie (I.), Ontologie - Kosmologie - Anthropologie (II.), Philosophische Ideengeschichte (III.) und Sozialphilosophie und Pädagogik (IV.). Innerhalb dieses Aufrisses ist in zweiter Linie dort, wo es sachlich naheliegend und möglich ist, eine chronologische Anordnung vorgesehen. So sind die Bände der Abteilungen I und II, welche die Entfaltung von Finks philosophischem Standort deutlich machen, im wesentlichen chronologisch angeordnet. Die Bandfolge der III. Abteilung orientiert sich an der geschichtlichen Folge der behandelten ideengeschichtlichen Positionen, da hier, im Gegensatz zu den Schriften der Abteilungen I und II, eine die Werkgeschichte berücksichtigende Anordnung der Texte für diese wenig Signifikanz besäße. Die Reihung der vierten Abteilung wird nach sachlichen Gesichtspunkten im Schritt von der Sozialphilosophie über die Sozialfunktion des Pädagogischen zur Philosophie der Pädagogik und ihrer Geschichte vorgenommen. Kleinere Arbeiten wie Vorträge und Aufsätze werden in allen Abteilungen entsprechenden Themenbänden zugeordnet, auch wenn sie aus anderen Werkphasen entstammen als die Haupttexte, die einen Themenband definieren. Dies entspricht dem leitenden Kriterium der sachlichen Zuordnung und hat zudem den Vorteil, dass der Leser zu einem Thema nicht nur alle relevanten Texte Finks findet, sondern überdies ihre werkgeschichtliche Genese verfolgen kann.
Für die Textanordnung in jedem einzelnen Band gilt das chronologische Prinzip, und zwar jeweils für die Haupttexte und die Beilagen. Die Haupttexte sind in der Regel längere, ausformulierte Schriftstücke (hierzu zählen auch die von den Schülern Finks angefertigten Protokolle), während im Beilagenteil Dispositionen und Aufzeichnungen aufgenommen werden, die den jeweiligen Haupttexten zugehören oder deren Thema weiter verfolgen. Bei der Wahl der Titel für die einzelnen Bände werden möglichst Formulierungen von Werken Finks verwendet.
Die Gesamtausgabe ist textkritisch angelegt. Textgrundlage bildet in der Regel die letzte Textfassung Finks. Alle zu einem Text vorhandenen Fassungen werden in ihrem Textzustand beschrieben. Da die meisten der von Fink selbst publizierten Bücher auf Vorlesungsskripten basieren, werden alle inhaltlich relevanten Abweichungen zu diesen textkritisch verzeichnet. Von Fink verwendete Zitate werden nachgewiesen und gegebenenfalls richtiggestellt. Die Texte werden in der Gestalt belassen, in der Fink sie verfasst hat, lediglich Rechtschreibung und Interpunktion werden den Regeln der deutschen Rechtschreibung vor der Rechtschreibreform angepasst. Als nötig sich erweisende Eingriffe der Herausgeber werden durch spitze Klammern im Text bzw. durch eine Notiz im textkritischen Apparat als solche kenntlich gemacht.
Jede Ausgabe enthält zudem ein ausführliches Nachwort der Herausgeber, das die Entstehung der betreffenden Texte beschreibt und sie im Gesamtwerk Finks lokalisiert, sowie ein Verzeichnis der von Fink zitierten Literatur.